• Les Mémoires dangereuses, avec Alexis Jenni, Albin Michel (2016)
• La guerre d'Algérie expliquée en images, Le Seuil (2014)
• Les Clés retrouvées. Une enfance juive à Constantine, Stock (2015)
• Histoire des relations entre juifs et musulmans des origines à nos jours, avec Abdelwahab Meddeb, Albin Michel, 2013
• Camus brûlant, avec Jean-Baptiste Péretié, Stock, 2013
• Algériens en France. 1954-1962 : la guerre, l’exil, la vie. Catalogue de voyages en postcolonies, Stock, 2012
• De Gaulle et la guerre d'Algérie, Fayard, coll. « Pluriel », 2012
• La guerre d'Algérie expliquée à tous, Seuil, mars 2012
• Histoire de l'Algérie : XIXe-XXe siècles, La Découverte (2012)
• La guerre d'Algérie vue par les Algériens (avec Renaud de Rochebrune), Ed Denoël (2011)
• Le 89 arabe, réflexions sur les révolutions en cours, dialogue avec Edwy Plenel, Ed. Stock (2011)
• Bibliographie de l'Algérie indépendante, 1962-2010 (avec Christian Boyer), Ed CNRS (2011)
• Le nationalisme algérien avant 1954, CNRS (2010)
• Algérie 1954-1962 : Lettres, carnets et récits des Français et des Algériens dans la guerre, éditions Les Arènes (2010)
• Mitterrand et la guerre d'Algérie (avec François Malye), Calmann-Lévy (2010)
• Le mystère De Gaulle. Son choix pour l'Algérie, Robert Laffont (2009)
• Les immigrés algériens en France : une histoire politique, 1912-1962, Hachette Littératures (2009)
• Les guerres sans fin, un historien entre la France et l'Algérie, Ed. Stock (2008)
• La guerre des mémoires - La France face à son passé colonial (entretiens avec T. Leclère), Editions de l'Aube (2007)
• Immigrances : L'immigration en France au XXe siècle (avec Emile Temine), Hachette Littératures (2007)
• Les trois exils, Juifs d'Algérie, Stock (2006
• La guerre invisible - Algérie années 90, Ed Presses de Sciences Po (2000)
• La dernière génération d'octobre, Ed. Stock (2003)
• Les 100 Portes du Maghreb (avec Akram Ellyas), Éditions de l'Atelier (1999)
• Le transfert d'une mémoire - De l'«Algérie française» au racisme anti-arabe, La Découverte (1999)
• Algérie, Formation d'une nation, suivi de Impressions dans l'est algérien, Éditions Atlantica (1998)
• Appelés en guerre d'Algérie, Gallimard (1997)
• Imaginaires de guerre, Algérie-Viêt Nam en France et aux États-Unis, La Découverte (1997)
• Les mots de la guerre d'Algérie (avec Sophie Dlucq et Jean-François Klein), Presses Universitaires du Mirail, Toulouse (2005)
• L'Algérie en 1995, Éditions Michalon (1995)
• Ferhat Abbas, une utopie algérienne (avec Zakia Daoud), Ed Denoël (1994)
• Histoire de l'Algérie depuis l'indépendance - T1 : 1962-1988, éditions La Découverte (1994)
• La Guerre d'Algérie - 1934-2004 La fin de l'amnésie (avec Mohammed Harbi), Robert Laffont (2004)
• Histoire de la guerre d'Algérie, La Découverte (1993)
• Aide-mémoire de l'immigration algérienne. Chronologie (1922-1962), C.I.E.M.I. (1992)
• Ils venaient d'Algérie. L'immigration algérienne en France (1912-1992), Arthème Fayard (1992)
• La gangrène et l'oubli. La mémoire de la guerre d'Algérie, La Découverte (1998)
• Histoire de l'Algérie coloniale (1830-1954), La Découverte (1991)
• Les sources du nationalisme algérien. Parcours idéologiques. Origine des acteurs, L'Harmattan (1989)
• Nationalistes algériens et révolutionnaires français au temps du Front Populaire, L'Harmattan (1987)
• Messali Hadj. Pionnier du nationalisme algérien, L'Harmattan (1987), Hachette (2004)
• Dictionnaire biographique de militants nationalistes algériens, 1926-1954, L'Harmattan (1985)